Ông đã đảm nhiệm nhiều vị trí quản lý khoa học tại các trung tâm khoa học của Pháp

• 2000-2004: Phó Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu về Toán, Thống kê, và Kinh tế toán (CERMSEM).[15]
• 2004-2005: Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu về Luật, Kinh tế, và Quản lý (GREDEG).[15]
• 2006-2009: Giám đốc Trung tâm Kinh tế Sorbonne (CES).[16]
• 2008-2011: Phó Giám đốc Khoa học của Viện Khoa học Xã hội và Nhân Văn (INSHS) thuộc Trung tâm Quốc gia Nghiên cứu Khoa học Pháp.[17][18][19]

GS Lê Văn Cường cũng nằm trong hội đồng định hướng về khoa học và giảng dạy của Trường Kinh tế Paris.[20] Ông cũng đã từng (từ năm 2008 đến 2009) là thành viên của hội đồng khoa học của Trường Sư phạm Cachan.[21]

GS Lê Văn Cường cũng đã từng (từ năm 2010 đến 30/09/2019) là Giám đốc khoa học của Trung tâm Nghiên cứu Kinh tế, Quản trị và Môi trường Việt Nam (VCREME).[22]